和田拓馬（株式会社デジタルキューブ 取締役 / 公認会計士・税理士）
上場株式を5%超保有する株主に開示を義務づける「大量保有報告制度」、いわゆる 5% ルールをご存じでしょうか。ニュースで目にするのは、アクティビストファンドが大企業の株式を買い進めた、といった文脈が多いかもしれません。しかし大量保有報告制度は、TOKYO PRO Market（以下、TPM）に上場する企業にとっても決して他人事ではありません。
TPM 上場企業は株主数が少なく、オーナー経営者や役員、取引先などが 5% 超の株式を保有しているケースが大半です。つまり一般市場では機関投資家の話題である大量保有報告制度が、TPM では「社長自身が提出義務者になる」制度なのです。
さらに、金融庁は2026年度のレビューにおいて、大量保有報告書・変更報告書を重点審査の対象とすることも公表しています。今回は、大量保有報告書・変更報告書の基本から、提出が必要になる場面、会社側・提出者側それぞれの対応、制度改正のポイント、EDINET での提出手続きまでを整理します。
目次
大量保有報告書・変更報告書とは
制度の目的と概要
大量保有報告制度は、金融商品取引法第27条の23以下に定められた開示制度です。上場株券等の株券等保有割合が 5% を超えた保有者に対して報告書の提出を義務づけることで、大株主の動向を市場参加者が把握できるようにし、投資者保護と市場の透明性確保を図ることを目的としています。
ここで重要なのは、対象となる有価証券が「金融商品取引所に上場されている株券等」である点です。TPMも東京証券取引所が開設する取引所金融商品市場ですから、TPM 上場企業の株式も大量保有報告制度の対象となります。プライム市場やグロース市場だけの制度ではありません。
大量保有報告書 ── 5% 超で5営業日以内
株券等保有割合が 5% を超えた場合、保有者は 5% を超えることとなった日から5営業日以内に、大量保有報告書を提出しなければなりません。報告書には、保有者の概要、保有目的、保有株券等の内訳、取得資金、直近60日間の取得・処分の状況などを記載します。提出された報告書は EDINET（金融庁の電子開示システム）を通じて公衆縦覧に供され、誰でも閲覧できます。
なお、株券等保有割合の算定にあたっては、保有者本人の分だけでなく「共同保有者」の保有分も合算します。共同保有者には、共同して株式を取得・譲渡し、または議決権を行使することを合意している者のほか、一定の資本関係等がある場合にみなし共同保有者として扱われる者が含まれます。
変更報告書 ── 1% 以上の増減で提出
大量保有報告書の提出後、株券等保有割合が 1% 以上増減した場合や、保有目的など重要な記載事項に変更があった場合には、変更報告書を提出する必要があります。提出期限は大量保有報告書と同様、変更があった日から5営業日以内です。
保有割合が 5% 以下になった場合にも変更報告書の提出が必要ですが、5% 以下になった旨を記載した変更報告書を提出すれば、以後の報告義務は原則として生じません。
特例報告制度
証券会社や投資運用業者などの機関投資家には、日々の売買に伴う頻繁な報告負担を軽減するため、月2回の基準日ごとに提出の要否を判断し、基準日から5営業日以内に提出する「特例報告」の制度が設けられています。特例報告を利用するには、重要提案行為等を行わないことなどの要件を満たす必要があります。TPM上場企業の株主の多くは一般報告の対象ですが、制度の全体像として押さえておきたいポイントです。
罰則・課徴金
大量保有報告書や変更報告書を提出しない場合、または虚偽の記載をした場合には、課徴金や刑事罰の対象となる可能性があります。なお、2026年4月には大量保有報告制度違反に係る課徴金水準の引上げを盛り込んだ金融商品取引法の改正法案が国会に提出されており、規制強化の流れにあります（2026年7月時点では法案段階であり、成立後の内容は改めて確認が必要です）。
どのような場面で提出が必要になるのか
新規上場時──TPM では複数名の提出義務が同時に発生する
TPM 上場企業にとって最も身近な場面が、新規上場時です。上場前から株式を保有していた株主は、上場によって保有株式が「上場株券等」となるため、5% 超を保有していれば大量保有報告書の提出義務が生じます。
TPM では、オーナー経営者が過半数の株式を保有したまま上場するケースが一般的です。加えて、役員、親族、資産管理会社、取引先、ベンチャーキャピタルなどが 5% 超を保有していることも珍しくありません。つまり TPM への上場では、上場と同時に複数名の提出義務が発生するのが通常なのです。上場準備の最終盤は適時開示体制の整備などで慌ただしくなりますから、誰が提出義務者になるのかを早い段階でリストアップしておくことをお勧めします。
上場後の第三者割当増資
上場後に第三者割当増資を実施する場合にも、大量保有報告制度への留意が必要です。まず、割当先が新たに 5% 超の株式を取得すれば、割当先に大量保有報告書の提出義務が生じます。また、増資の引き受けにより保有割合が1％以上増加した場合には、変更報告書の提出が必要になります。
対して、保有株券等の総数の増加又は減少を伴わない場合は、変更報告書を提出する必要はありません（金商法27条の25第1項ただし書）。関東財務局のQ&A（Q14）でも、発行者が第三者割当増資を行い、自らは割当を受けなかったが発行済株式総数の増加により保有割合が直前の報告から1％以上減少したケースについて、提出者の保有株券等の総数に増減がない場合であれば変更報告書の提出は不要と明示されています。
ただし、実務上重要な注意点が一つあります。増資により保有割合が1％以上減少した後にご自身が売買等を行った場合、1％以上の増減の有無は、増資前の保有割合（直前に提出した大量保有報告書・変更報告書に記載された割合）を基準に判断する必要があります。つまり、希薄化分は「未報告のまま繰り越されている」状態なので、その後わずかな売却でも、直前報告値との差が合計1％以上になれば変更報告書の提出義務が生じます。希薄化後に一度も報告していない場合は、この点を見落としやすいのでご注意ください。
事業承継・株式の移動
親族への株式承継、資産管理会社への株式移管、後継者への段階的な譲渡など、事業承継に伴う株式移動でも報告義務が生じ得ます。TPM は事業承継の受け皿としても注目されている市場ですから、承継スキームを設計する際には、株式移動のタイミングごとに大量保有報告書・変更報告書の要否を確認しておく必要があります。
参考 ── 一般市場での典型的な場面
一般市場では、M&A に先立つ株式の買い集め、TOB（公開買付け）、機関投資家による買い増しや売却などが典型的な提出場面です。大株主の動向が株価や経営権に影響する市場だからこそ、透明性を確保する仕組みとして機能しています。
会社側と提出者側、それぞれの対応
大前提 ── 提出義務を負うのは「株主」であり「会社」ではない
まず押さえておきたいのは、大量保有報告書・変更報告書の提出義務を負うのは保有者（株主）側であり、発行会社には法令上の提出義務がないという点です。有価証券報告書や適時開示のように会社が提出・開示するものと混同されがちですが、大量保有報告書は株主自身が EDINET を通じて提出する書類です。
提出者側が対応すべきこと
提出者側の実務ポイントは3つあります。
第一に、期限管理です。提出期限は報告義務が発生した日から5営業日以内と短く、EDINET の ID 取得（後述）にも一定の日数を要します。株式の取得や譲渡を予定している段階から、あらかじめ準備を進めておくことが肝要です。
第二に、共同保有者の合算判定です。自分ひとりの保有割合だけを見ていると、配偶者以外の親族が経営する資産管理会社の保有分など、合算すべき分を見落とすおそれがあります。特にオーナー一族で株式を分散保有しているケースでは、誰と誰が共同保有者に該当するのかを丁寧に整理する必要があります。
第三に、記載内容の正確性です。保有目的欄や担保契約等の欄は、後述する制度改正により記載の重要性が増しています。株式を担保に融資を受けている場合などは、記載漏れがないよう注意しましょう。
会社側が対応すべきこと
発行会社に法令上の義務はないものの、実務上の対応は重要です。
上場準備段階では、5% 超を保有する株主をリストアップし、上場に伴い大量保有報告書の提出が必要になることを事前に案内しておきます。オーナー経営者はもちろん、社外の株主に対しても、制度の存在と EDINET の手続きを丁寧に説明しておくことで、上場直後の提出漏れを防げます。
上場後は、第三者割当増資を実施する際に、割当先および既存の大量保有者に対して報告義務が生じる可能性を事前にアナウンスすることが望まれます。あわせて、EDINET で自社株式に係る大量保有報告書の提出状況を定期的に確認し、株主構成の変化を把握しておくことも有益です。TPM上場企業であれば、J-Adviser とも連携しながら対応を進めるとよいでしょう。
EDINET での提出手続き
提出の流れ
大量保有報告書・変更報告書は、EDINET を通じて管轄の財務局へ提出します。初めて提出する場合の大まかな流れは次のとおりです。
- 電子開示システム届出書の提出：EDINET を利用するための届出書を管轄財務局に提出します
- EDINET ID の取得：届出が受理されると、提出に必要な ID とパスワードが発行されます
- 報告書の作成・提出：EDINET 上で書類を作成し、オンラインで提出します
個人株主の場合、電子開示システム届出書における申請には「住民票の抄本」PDFの取得や、マイナンバーカード、マイナンバーカードの暗証番号が必要な場面もあり、事前準備が必要になります。ID 取得には一定の日数を要するため、提出期限（5営業日以内）から逆算すると、株式の取得を予定している段階で届出を済ませておくことが現実的です。上場準備中の企業であれば、上場承認前のタイミングで大株主の ID 取得を進めておくとよいでしょう。
具体的な操作方法やファイル仕様は、金融庁の EDINET 案内ページや管轄財務局の窓口で確認できます。氏名・住所等に変更があった場合の電子開示システム変更届出書の取り扱いも含め、最新の公式情報にあたることをお勧めします。
まとめ
大量保有報告書・変更報告書は、一般市場の機関投資家だけの制度ではありません。株主数が少なく、オーナー経営者や役員が大きな割合の株式を保有するTPM上場企業にとっては、経営者自身が提出義務者となる身近な制度です。
新規上場時には複数名の提出義務が同時に発生し、上場後も増資や事業承継のたびに報告の要否を確認する必要があります。提出義務を負うのは株主側ですが、会社側が上場準備段階から制度を周知し、EDINET の手続きを案内しておくことで、提出漏れのリスクは大きく減らせます。2026年5月に施行された制度改正により記載要件も変わっていますから、これから提出する方は新様式・新要件への対応もあわせて確認してください。
デジタルキューブは、自ら TPM に上場した経験を持つ企業として、FinanScope を通じて上場準備の実務を支援しています。大量保有報告制度への対応を含め、上場に関するお悩みがあればお気軽にご相談ください。
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